解析用のパソコンはLinuxを使っていて、そこではさくさく使えているSamtools。
普段のお仕事の合間にもちょっとした作業をこなすべく、
Windows 10 にSamtools を入れようとして無事に敗北した。。。
Windows 10はコマンドが使いこなせないのでCygwinを使ってます。
htslib
１、 http://www.htslib.org/download/ のところから samtools-1.10をダウンロード
２、 tar -xvf htlib-1.10.2.tar.bz2 で解凍
３、サイトが示す通り、./configure --prefix=/where/to/install
４、-bash: ./configure: No such file or directory とのこと。
５、やけくそで次のステップの make をやってみる。
６、make: *** [Makefile:133: hfile_libcurl.o] エラー 1 だそうだ。Cygwinにpackageが足りていないのではと思い調べるとやはり入ってなかったので追加
７、make 成功！
８、make install もできたよう。
９、bgzipとtabixが使えたのでひとまず良し？
samtools
１、同じ感じで ./configure --prefix=/where/to/install
２、make: *** [Makefile:132: bam_split.o] エラー 1
３、これはどうやらCygwinに足りないパッケージではなさげなのでお手上げ。
ついでにvcftoolsもやってみた
Readme に書いてあるのは下記のこれだけ
./configure
make
make install
しかし、ダウンロードしてきて初っ端の ./configure が動かなくて死ぬ（笑
-bash: ./configure: No such file or directory
なんでないんだよ！って思ったけどよく勉強してから再挑戦しようと思う。
よくLinux環境では使えてるなぁって遠い目（笑
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