vcftoolsとの戦い

今日はvcfをmergeしないといけないのでとりあえずvcftoolsと戦う。そして昨日のsamtoolsもどうにかする。

vcftoolsの導入の手順はこうらしい

./autogen.sh 
./configure --prefix=/usr/local/
make
make install

事前調査でautoconfはすでにCygwinにいれておいた

そしてさっそく打つとこうなる

./autogen.sh
Can't exec "aclocal": No such file or directory at /usr/share/autoconf/Autom4te/FileUtils.pm line 326.
autoreconf-2.69: failed to run aclocal: No such file or directory

今度はautomakeが足りないらしいので早速入れると動いた！

次の ./configure –prefix=/usr/local/ を入れると…

configure: error: Package requirements (zlib) were not met:
Package 'zlib', required by 'virtual:world', not found

今度はzlibが足りない。そそくさと入れる。

ちなみに最初、このエラーを見逃してしまって make をしてしまったのだけど

make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません.  中止.

ってなるので気が付いた。

んで、zlibを入れてやったらいけてそうなので make をする。

collect2.exe: error: ld returned 1 exit status

とのこと。今度は何が足りないのでしょうかと思ったけどタイムアップで今日はここまで。。。