Strelka2 の Demo fileがValidatorを通るか検証してみた
According to the VCF specification, the input file is not valid
Error: Format is not a colon-separated list of alphanumeric strings. This occurs 34 time(s), first time in line 41.
通らず…
対象の部分は…
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12891
demo20 1 . T . . LowGQX END=899;BLOCKAVG_min30p3a GT:GQX:DP:DPF:MIN_DP .:.:0:0:0
demo20 900 . G . . LowGQX;LowDepth END=906;BLOCKAVG_min30p3a GT:GQX:DP:DPF:MIN_DP 0/0:5:2:0:2
おそらくアンダーバー（ _ ）が使えないと思われるのでBLOCKAVG_min30p3aとMIN_DPの_を全て削除した。
According to the VCF specification, the input file is valid
Warning: INFO ‘BLOCKAVGmin30p3a’ is not listed in a valid meta-data INFO entry. This occurs 7 time(s), first time in line 41.
Warning: FORMAT ‘MINDP’ is not listed in a valid meta-data FORMAT entry. This occurs 1 time(s), first time in line 47.
エラーの内容がと上記となったのでINFOもちゃんと書き換える
According to the VCF specification, the input file is valid
やったね☆
”MIN_DP”については GATK でも標準的なものであるため、ほとんどのVCFが通らないのではと思った。
こないだのエラーもたぶん大半がそれだったみたいで置換したら通った。
それでは！
コメント